إن العضوية في المؤسسة إجبارية لكافة البنوك المرخصة من قبل سلطة النقد الفلسطينية، سواء أكانت بنوكاً تجارية أم إسلامية، ولقد بلغ عدد البنوك الأعضاء والخاضعة لأحكام القانون 13 بنكاً كما هي بتاريخه، منها 7 بنوك محلية و6 بنوك وافدة.